螺杆压缩机常用的轴承主要有两种：滚动轴承和滑动轴承。由于气体力引起的轴承负荷很大，因此，气体轴承和磁悬浮轴承等并不适用于螺杆压缩机。
滚动轴承的承载能力随轴承直径的增大而增大，但是它没有轴向载荷随转子直径的增大速度快。这意味着在中小型螺杆压缩机中，滚动轴承的寿命较长。在大型螺杆压缩机中，由于寿命太短，有时不宜采用滚动轴承。
滑动轴承又称为流体动力轴承，是指轴被油膜支撑起来。轴承内油膜的形式取决于轴承的结构形状。既然轴运行在油膜之上，因而也不存在机械磨损部件，也无所谓轴承寿命。所以，只要轴承被充以适当粘度和品质的润滑油，工作在适当的压力和温度下，并且油被很好的过滤，滑动轴承将永远工作下去。另外很重要的一点是，这类轴承不易受速度变化的影响。但滑动轴承的加工和装配都不及滚动轴承方便，较大的游隙也要求压缩机的各处间隙增大，导致泄漏量增多，压缩机效率降低。
在螺杆压缩机应用中，无论采用何种形式的轴承，都应确保转子的一端固定，另一端能够伸缩。一般情况下，转子在排出侧轴向定位，在吸入侧留有较大的轴向间隙，让其自然膨胀，以便保持排出端有不变的最小间隙值，使气体泄漏为最小，并避免端面磨损。